Nhiều loài dơi quạ hiện nay đang bị đe dọa tuyệt chủng, nhất là vùng Thái Bình Dương nơi chúng bị săn bắt quá mức để lấy thịt. Ở quần đảo Mariana, thịt dơi được xem là một đặc sản và có tầm quan trọng lớn về mặt kinh tế. Vào năm 1989 tất cả các loài thuộc chi Dơi quạ đều được xếp vào phần Phụ lục II của Hiệp định Mậu dịch Quốc tế về các loài Động vật và Thực vật bị đe dọa (CITES). Phân loài P. hypomelanus maris tại đảo Maldives được đánh giá là đang bị đe dọa do phân bổ bị hạn chế cũng như mức độ chọn lọc cao. Tuy nhiên việc săn bắn và buôn bán dơi quạ vẫn tiếp tục theo con đường bất hợp pháp hoặc bằng cách lách qua các khe hở của luật pháp - vốn được đánh giá là chưa đủ mạnh tay trong việc hạn chế nạn săn bắn. Nông dân và các điền chủ cũng tấn công dơi quạ vì chúng hay ăn quả trong các vườn cây của họ, và tại một số địa phương người dân tin rằng thịt dơi có thể chữa được hen suyễn. Các thiên địch của chúng ngoài con người còn có thể có chim săn mồi, rắn và một số động vật khác.

Loài Dơi quạ đeo kính bản địa ở Úc hiện đang bị đe dọa bởi loài ve Ixodes holocyclus vốn mang trong mình chất độc có thể gây tê liệt.[6]